Gerard Ekdom wist al vroeg wat hij wilde worden: diskjockey. Hij was er vroeg bij, want al op z'n 14e werd hij regelmatig gevraagd als drive-in jock. Als radio-dj begon hij bij het lokale Radio De Bilt. Ook werkte hij korte tijd bij Stadsomroep Utrecht en NEW Dance Radio. De plek bij Stadsomroep Utrecht had Ekdom grotendeels te danken aan dj Fred Siebelink. Ekdom kwam Siebelink op een dag tegen in Utrecht (hij herkende Siebelink aan diens stem), waar hij niet schroomde om hem aan te spreken. Siebelink zag wel wat in Ekdom en leidde hem rond bij de Stadsomroep. Na een tijdje werd het talent van Ekdom erkend en verdiende hij zo een plek bij de Stadsomroep.
In 1998 begint Ekdom zijn carrière bij 3FM. Anderhalf jaar eerder al had hij een bandje opgestuurd naar de toenmalige manager Jan Steeman van het project Pyjama FM van de AVRO. Na een belletje van Steeman kon hij beginnen in de nachtopleiding bij de AVRO. In de tussentijd was hij ook nog te horen bij Magic FM en Hot Radio.
In september 1999 verhuisde Ekdom van de nacht naar de zondagochtend en presenteerde hij het programma EKDOM!. Zijn echte doorbraak kwam zeven maanden later, toen hij twee weken mocht invallen voor het programma Arbeidsvitaminen. Dat beviel Ekdom en de AVRO goed. Daarna ging het snel. Hij kreeg nog eerst een eigen dagelijks nachtprogramma, maar op 17 september 2001 verving hij definitief Wim Rigter als vaste presentator van de Arbeidsvitaminen. Daar was hij elke werkdag te horen tussen eerst 09.00, later 10.00 en 12.00 uur en het is het best beluisterde programma van de zender. Gerard Ekdom staat bekend om een uitgebreide muziekkennis en zijn pogingen om tussen alle typische "Arbeidsvitaminen"-platen ook regelmatig een zogenaamde freakplaat te pluggen. Ook kwam iedere dag het item "Bedrijven Top 10" aan bod waarbij een bedrijf zijn top tien in stuurt en de baas wordt uitgeroepen tot "Baas van de dag". Op 3 september 2010 presenteerde Gerard Ekdom zijn laatste aflevering van Arbeidsvitaminen voordat het naar Radio 5 verhuisde. Vanaf 6 september 2010 presenteert hij van maandag tot en met donderdag tussen 12.00 uur en 14.00 uur 'Effe Ekdom'.
Naast 'Effe Ekdom' presenteert Gerard Ekdom samen met Giel Beelen op zaterdag in de vroege ochtend de vrijdag freaknacht waarbij hij, in het programma Ekdom In De Nacht, het gedeelte tussen 04:00 en 07:00 uur voor zijn rekening neemt. Sinds september 2006 is hij samen met Michiel Veenstra ook op vrijdagavond van 19.00 uur tot 22.00 uur te horen in het het programma Ekstra Weekend.
Fort Boyard zal zijn tv-debuut als presentator zijn.
In oktober 2008 verscheen zijn autobiografie, getiteld 'Ik Zal Kijken Wat Ik Voor Je Kan Doen'. De titel is een verwijzing naar één van Ekdoms bekende vaste uitspraken.
